六壬神课和奇门遁甲，最早都是帝王将相用来决断大事小情的，寻常百姓没有资格参与这种事情。不过，与所有的绝学秘籍一样，你要么被改造得通俗易懂，以人间烟火为自己的物质食粮，要么抱定你高贵血统，任其香火不继，断子绝孙。
魏晋南北朝时期，六壬神课逐渐被简化和附会，慢慢地衍变成一种小老百姓日常占卜婚丧嫁娶、生老病死的小技术了。这个时候，原本就神神道道的民间法术也附会进来，最大限度地为这两门绝学保留了高贵而神秘的血统。
魏晋以前，奇门遁甲的源流到了西汉高人张良这里就完结了，后世的从业人员为了能继续传授这门技术，于是编造出一个小故事，说是在张良死后的数百年间都没有人懂得这种世外绝学，到了晋朝，一伙盗墓贼光顾了张良的坟墓，在张良的枕头底下发现了一本奇门遁甲的秘籍，于是顺便把它捎了出来，以后奇门遁甲就在民间传承下来。
传说三国时期，精通奇门遁甲的奇人，首推蜀汉丞相诸葛亮。诸葛亮年轻的时候，不知道在哪里弄了这么一本秘籍，把技术学上了身。后来他协助刘备和东吴交兵，在由长江入蜀的唯一通道——湖北宜都附近的彝陵鱼腹浦，用巨石摆下一个八卦阵，专等不知死活的侵略者上钩，这个八卦阵里面就包含了许多奇门遁甲的学问和杀机。再后来，东吴大将陆逊率大部队进犯蜀汉，路过鱼腹浦时，果然被困在阵里。幸亏诸葛亮的老丈人的阴魂大发慈悲，及时显现，指明其中的机巧，陆逊才脱离险境。
到了东晋十六国时，又出现了一位精通奇门遁甲的奇人——前秦丞相王猛。王猛从小家境贫寒，靠卖畚箕过活，可是他非常好学，人也特别老实本分，结果被世外高人看中，给诳到山里，教给奇门遁甲绝学。等他下山时，就已是一个胸怀奇门韬略的半仙了。
当时，东晋大将军桓温率大部队北伐，一路打到关中，围住长安。王猛听说后就来拜见桓温，给他分析当时的形势，一句话这一趟长安您是拿不下来了，您还是见好就收吧。王猛一面说一面把手伸到衣服襟里摸虱子，桓温的部将们见了都哈哈大笑，王猛也不在乎。桓温盛情邀请王猛出山给他当参谋，王猛早在就看出桓温对东晋司马家有异心，不愿意掺和这件事，于是委婉地谢绝了。
后来，有人把王猛推荐给前秦国主苻坚，两人一见如故。苻坚多次当众夸王猛，说他得到王猛就像当年刘备得到诸葛亮一样，于是将国家的大事小情都交给他办，没几年王猛将前秦治理得井井有条。
由于王猛常年日理万机，操劳过度，后来得了重病。临终前，他对苻坚分析了当时的前秦和东晋的形势，劝苻坚不要招惹东晋两下了相安无事最好。王猛死后，苻坚头脑发热，将王猛的警告不当一回事，率大军攻打东晋，结果淝水一战，大败而归，从此一蹶不振。不久到国内处发生叛乱，苻坚也被仇人活捉，最后给吊死了。
以上两位当然是庙堂内精通奇门遁甲绝学的代表人物，而东晋葛洪，就算得上是精通奇门遁甲绝学的民间代表人物了。
葛洪自号抱朴子，当时人们称他“小仙翁”，早年间，葛洪也在东晋朝廷做过几任小官，因为有军功被封为关内侯。后来葛洪看破红尘，辞官不做，隐居广东罗浮山，一心钻研奇门遁甲绝学，又炼丹修道，求长生不死。闲暇时也著述立言，有《神仙传》、《抱朴子》、《肘后备急方》、《西京杂记》等专著传世。
据说，葛洪的奇门遁甲术有家学渊源，他的祖父本是炼丹修道的高手，有一套奇门遁甲的本领传给了弟子郑隐。葛洪长大后，师从郑隐学得这门绝学。隐居罗浮山之后，葛洪觉得再不拯救这门绝学就要失传了，于是效仿孔子广招门徒。